一、 办公室
办公室主要职能
--负责关内业务协调及其他隶属海关之间的联系配合，并就各类业务问题统一请示直属海关相关部门；
--负责全关政策研究、法律咨询、综合协调、催办督查工作；
--负责信息文秘、新闻宣传、机要保密、业务档案管理工作；
--负责会议组织、来宾接待、外部联络、行政复议和行政诉讼等工作。
二、人教科
人教科职责
1、负责全关人员政治工作，掌握职工思想动态；
2、负责干部(含工勤人员)的调配、考核、任免、奖惩、录用、辞退等管理工作；
3、负责政工宣传、教育培训、劳资福利、安全保卫工作；
4、负责机构调整、岗位交流的组织实施及人事档案管理。
三、通关科
通关科现有人员10人。科长3名、主任科员1名、副主任科员1名、科员5名。
科长王萍全面负责通关科的管理工作，分管减免税、统计及结关理单工作。
科长范小镇协助王萍科长的科室管理工作，分管企业及运输工具注册备案工作。
副科长严华斌协助王萍科长的科室管理工作，分管接单、征税、审价及化验送检工作。
通关科现设岗位有：企业注册备案、减免税、进（出）口接单、税费打印、审价复核、结关退单、理单、统计、监管运输工具管理等岗位。
通关科联系电话
科长办公室：605室， 电话：88918050
理单、统计：604室， 电话：88918053
结关办公室：604室， 电话：88918056
减免税岗位：1404室，电话：88918052 企管岗位： 88918066
通关科职责
一、负责办理进出口企业的注册备案、电子口岸授权；
二、办理减免税进出口货物的审批、核查及解除监管等工作；
三、进出口报关单的接单审核和税费征收工作；
四、根据作业结果或现场分析实施风险布控；
五、审核评估进出口商品价格，收集整理价格资料；
六、负责受理、审核、审批担保、滞纳金、滞报金、监管手续费及减免等申请；
七、进出口溢短货物的已征税款退补工作；
八、根据审单中心指令和现场分析进行实物验估；
九、负责取样化验商品的登记、送检、反馈等工作；
十、负责风险信息收集、加工整理和上报工作；
十一、负责业务统计及贸易统计的管理、上报及统计监督、统计处罚等工作；
十二、负责对报关单的结关、签发证明联及理单装订工作；
十三、负责对免税品的出入库管理及核查、核销工作；
十四、负责对报关单据及减免税的档案管理工作。
四、调查科
五、加工贸易管理科：
加工贸易监管科前身为保税科，具体负责镇江地区（不含丹阳）的加工贸易的海关监管业务。随着镇江地区外向型经济的迅速发展，海关各项监管业务得到大幅度提高，2001年海关系统实施机构改革，将保税科更名为加工贸易监管科，现有人员7名，其中科长一名，副科长一名，科员5名（备案2人，核销3人）。加工贸易监管科在镇江海关领导的正确领导下，认真贯彻"依法行政，为国把关，服务经济，促进发展"的海关工作新方针，高标准、严要求，不断探索加工贸易海关监管新模式，各项工作都取得了较好的成绩。
保税科的主要责职是：
（一）、办理镇江地区三资企业及加工厂在镇江地区的外、工贸公司的加工贸易合同备案审批、中期核查、后期核销等具体业务。
（二）办理镇江地区企业保税料件异地结转（调拨）监管手续；
（三）负责收集、加工整理和上报风险信息，开展风险分析，实施风险布控；
（四）领导交办的其他事项。
六、综合科
七、技术科
1、 维护、管理本关计算机网络；
2、 维护、管理本关有线、无线通信网络；
3、 维护、管理本关计算机应用系统及硬件设备；维护、管理本关其它科技设备；
4、 协助本关计算机信息系统安全管理小组加强信息系统的安全管理；
5、 根据镇江口岸的实际情况，对物流监控信息化系统进行调研、论证，并在关领导的领导下，组织相应应用系统的研制、开发和完善；
6、 协助关产管理部门管理科技固定资产；
7、 对通关录入单位进行规范化管理，确保通关次序正常、申报数据及格式合乎规范；
8、 为通关作业及通关作业改革提供技术支持；
9、 进行防伪鉴定；协助业务科室进行数据查询。
八、监察
九、物流监管科
物流监控科现有人员8人，其中科长一名，科员7人，科室的主要职责如下：
一、接受运输工具入境申报和出境结关申报，收取纸质舱单和接受电子舱单数据，审核、确认及核销纸质舱单，办理进出境运输工具验放、船舶吨位征收、吨税执照签发手续，并负责舱单数据库的日常维护。
二、对运输工具进出境、在境内停靠、装卸货物及添装、起卸、调拨燃料、物品、备件、免税烟酒等进行实际监管。
三、负责按规定权限和各项监管要求，对码头、车站、进出口货物堆物、集装箱堆场、转关运输监管点、油料保税仓库、出口监管仓库、及其他海关监管场所进行实际监控。
四、办理进出境货物、物品、过境货物、转运货物、通运货物、转关运输货物及保税货物的监管和回执手续；
五、负责现场调研、收集、加工整理和上报风险信息，开展风险分析，实施风险布控。
十、查验科
查验科是为了适应通关作业改革的要求，根据根据《南京海关关于镇江海关机构改革方案的批复》(宁关人发［2001］315号)及有关文件精神，设立的镇江海关业务执行机构，于2001年7月1日正式对外办公，办公地点位于镇江新区镇江港港区，现有成员6人，科长袁宁，副科长江乐水。镇江海关查验科主要工作职责为：
——根据通关风险布控指令和查验环节现场分析对进出口货物实施查验；——负责收集、加工整理和上报风险信息，开展风险分析，并协助开展验估作业；
——完成关领导交办的其他工作。
十一、行政科
行政科是负责本关机关事务管理的职能科室。下设总务、基建、财务、车队、招待所五个小组。基本职能是：
1.了解和掌握本关机关事务管理工作情况，拟制事务管理计划，适时向关长室提出报告和建议，并组织实施。
2.根据关长室的意图和规划，拟制后勤保障计划，合理调配物力、财力、运力，保障全关工作正常开展。
3.组织本关装备、物质、和经费的请领，做好装备、物资的储存、管理和供给。
4.负责固定资产配置管理、大院绿化养护和环境保护等项工作。
5.规划本关基本建设并组织实施。
6.管理本关招待所，负责来客接待等工作。
十二、财务科
为认真贯彻执行《海关财务制度》，进一步加强本关财务管理，提高资金使用效益，特制定本规定。
一、财务管理的基本原则 贯彻执行国家和海关总署、南京海关制定的有关财务工作的法律、法规和规章制度；应收尽收，及时足额解缴；保障供给，厉行节约，制止奢侈浪费；量入为出，突出重点，兼顾一般；注重资金使用效益。
二、重大财务事项，实行关党组集体审批制度 下列事项纳入本关重大财务事项管理范围：
1、年度各项经费预算安排；
2、基建项目建设方案的审定、中标施工单位的确定、建设资金决算；
3、大中型维修项目的确定和费用预算的审定；
4、5000元以上大额资金的使用；
5、500元以上大项物品的集中采购；
6、银行帐户的设立、撤销和大额资金的存储；
7、预算外经费的动用。（日常小额另行规定）
十三、加强收入及支出预算管理
1、收入预算管理 海关经费收入是指海关单位依法取得的非偿还性资金，包括上级海关拨入经费，地方财政专项拨款收入，其他收入。
（1）上级海关拨入经费是指南京海关核拨的海关关务费收入，缉私办案费收入，收费业务费收入，预算外资金收入。
（2）地方财政专项拨款收入是指由地方政府拨入的除罚没返还款之外的具有专项用途的经费，如医疗经费补助。
（3）其他收入是指海关单位依据有关规定取得的H883收入，保证金存款利息收入，固定资产处置、出租收入，各项经费存款利息收入，招待所收入等。 上述各项收入全部纳入本关经费收入预算管理。
2、支出预算管理 按照量入为出，突出重点，兼顾一般；厉行节约，制止浪费；注重资金使用效益的原则，合理安排年度支出预算。编制年度支出预算时，下列开支项目应优先安排：
（1）人员经费，包括基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、医疗费用等开支；
（2）开展日常公务活动发生的公务费开支，如办公用品的购置，差旅费、车辆费用、通讯费用、日常修理费用等；
（3）业务工作所需开支的印刷费，制服费；
（4）通关作业改革必须开支的项目。 在确保上述开支项目所需资金后，根据所余资金的情况，安排本年度用于技术设备和一般设备的购置经费。 年度支出预算经关党组集体审定通过后，在执行中不得随意改变。如因上级海关调整我关年度预算或本关的实际情况发生变化等原因，确需修订年度预算的，应按照重大财务事项的进行处理。
十四、应收尽收，及时足额解缴
1、罚没收入 罚没收入是指海关依据《中华人民共和国海关法》等国家现行的法律规定，对走私、违反海关监管规定等违法行为人实施行政处罚所收取的应缴国库的款项。主要包括缉私罚没收入和海关罚没收入。 缉私罚没收入是指海关变价处理的走私货物、物品的变价收入和追缴的私货款扣除30%税款后的收入，海关在处理走私案件时对单位和个人的罚款，以及海关、公安、边防、工商行政管理等执法部门在处理走私案件时对单位和个人没收的违法所得和其他非法款项。缉私罚没收入就地全额缴入中央财政。 海关罚没收入是指海关缉毒罚没收入和违规罚没收入等缉私以外的其他罚没收入。海关罚没收入就地缴入中央财政50%和地方财政50%。
2、行政性收费 各业务部门必须严格按照《收费许可证》的项目和标准收费，做到应收尽收，及时足额解缴，不得截留、挪用或坐支。 业务部门按照规定收取的行政性收费收入，应在收款的当日（当日来不及必须于次日）填具《海关交（付）款通知书》附收费票据记帐联连同款项送财务部门签收入帐。对于大港业务现场收取的小额零星款项（如施封锁工本费）可以集中起来每周送交一次。 月末，财务科按照南京海关的规定将当月收取的各种应汇缴款项及时足额汇缴南京海关财务处。
十三、丹阳办事处
镇江海关驻丹阳办事处位于丹阳市经济开发区，于1993年12月30日经海关总署批准设立，为副处级机构，隶属镇江海关领导。1995年11月8日正式开关其主要任务是依法对丹阳地区进出境运输工具、货物和其他物品实施监管，征收关税和其他税费，查缉走私，编制海关统计及办理其他海关业务。办事处内设办公室和业务科两个科室，目前全处人数为17人。
开关八年来，办事处坚持"依法行政，为国把关，服务经济，促进发展"工作方针，各项工作稳步发展。截至2002年12月，共监管进出口货物53，038吨，货值13，568万美元,征收关税和进口环节税13，754万元，办理加工贸易合同2,346份,备案料件金额1.95亿美元。
2002年，共监管进出口货物9,097吨，货值2,087万美元；征收关税及进口环节税3,291万元；办理加工贸易合同320份，料件金额2,665万美元；核销合同288份；核销补税112万元；稽查企业6家；稽查补税10.3万元；年审企业179家；新注册企业79家。
八年以来，办事处曾多次荣获丹阳市"文明单位"、"先进党支部"，镇江市"文明单位"，江苏省级"青年文明号"和南京关区"文明窗口"等荣誉称号。
十四、走私犯罪侦察支局
